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L'ecografia morfologica viene comunemente eseguita tra la 20-22° settimana di gravidanza. A tale epoca di gravidanza il feto è nelle migliori condizioni per essere studiato essendoci un rapporto ottimale tra le dimensioni e la quantità di liquido amniotico.

L'ecografista osserva il feto con la maggiore attenzione possibile, visualizzando anche gli organi interni. Di norma vengono studiate le seguenti strutture :
- cervello con misurazione dei ventricoli laterali, del cervelletto e della cisterna magna
- faccia con osservazione del profilo, delle labbra e delle lenti del cristallino oculare
- colonna vertebrale in sezione longitudinale e trasversale
- torace con osservazione del parenchima polmonare e della posizione del cuore
- cuore con studio delle 4 camere cardiache, dell'arco aortico, dell'emergenza dei grossi vasi
- diaframma, per accertarne l'integrità, anche se i piccoli difetti a volte possono essere manifesti solo in epoche tardive
- addome con controllo della chiusura della parete e studio degli organi interni quali lo stomaco, la colecisti, il fegato e l'intestino" apparato genito-urinario, con visualizzazione dei reni, della vescica e dei genitali esterni
- cordone ombelicale con visualizzazione dei tre vasi che lo compongono
- arti superiori ed inferiori con visualizzazione delle ossa lunghe, dell'asse delle mani e dei piedi, della dita delle mani
- indicatori di rischio (markers) di cromosomopatie